Grupo de Trabajo "Árboles, espacios hiperbólicos y filogenética" (2022)
Descripción
En este grupo de trabajo estudiaremos la geometría de espacios métricos "similares a árboles", basado en la teoría de Gromov de los espacios hiperbólicos.
Desde esta teoría, pasamos a ver problemas de inmersión deformando poco las distancias, espacios métricos hiperbólicos (en particular, embedding de árboles métricos). Lo que tiene varias aplicaciones para (entre otros) el estudio de redes sociales, y de relaciones de parentela entre especies basado en comparación de su DNA (= filogenética).
Nos enfocaremos en el estudio matemático y algorítmico de la filogenética, y aprenderemos cuáles son los métodos, y los desafíos, para la clasificación del material genético. Trabajaremos para clarificar los enlaces entre filogenética y geometría métrica.
Organizadores
- Mircea Petrache, mpetrache (you know what) mat.uc.cl
- Rodolfo Viera (email similar, con "rodolfo.viera")
Referencias
- Libro: Coornaert, Delzant, Papadopoulos, Géométrie et théorie des groupes: les groupes hyperboliques de Gromov [cap. 1–2, 3–4, 8–9]
- Artículo: Verbeek, Suri, Metric embedding, hyperbolic space, and social networks (Comput. Geom. 59 (2016) pp 1–12)
- Artículo: Sarkar, Low distortion Delaunay embedding of trees in hyperbolic plane (Int. Symp. of Graph Drawing, 2011)
- Libro: Warnow, Computational Phylogenetics [cap. 1, 4, 5, 7]
Contactar organizadores para pedir PDF de las referencias, y para inscribirse para exponer algún tema en particular.
Plan de trabajo
- Charla 1: cap 1–2 del libro 1. 17 marzo 2022
- Charla 2: cap 3–4 del libro 1. Bernardo Mundaca, 23 marzo 2022
- Charla 3: cap 8–9 del libro 1. Felipe Caster, 30 marzo 2022
- Charla 4: artículo 2. Rodolfo Viera, 20 abril 2022
- Charla 5: artículo 1 y motivaciones computacionales. Mauricio Soto, martes 26 abril 2022 (por Zoom, a las 14:00)
- Charla 6: cap 1 del libro 2. Matias Gomez, 03 mayo 2022, sala 2 piso edificio Villanueva
- Charla 7: cap 4 del libro 2. Tamara Zamorano, 18 mayo 2022, sala 1 piso edificio Villanueva
- Charla 8: cap 5 del libro 2
- Charla 9: cap 7 del libro 2